Masjelis Masyayikh bekerjasama dengan mitra-mitra yang saling bersinergi dalam penjaminan mutu pesantren Indonesia.

Asosiasi Ma’had Aly Indonesia

Forum Komunikasi Pesantren Mu’adalah

Asosiasi Pendidikan Diniyah Formal

Badan Perencanaan Pembangunan Nasional

Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia

Kementrian Agama Republik Indonesia